Diversidad genética y filogenia de regiones ITS en genotipos de naranja dulce de San Luis Potosí

Autores/as

  • Manuel de Jesús Bermúdez-Guzmán Campo Experimental Tecomán-INIFAP. Carretera Colima-Manzanillo km 35, Tecomán, Colima. CP. 28930. Tel. 55 38718700, ext. 84306 , Campo Experimental Tecomán-INIFAP. Carretera Colima-Manzanillo km 35, Tecomán, Colima. CP. 28930. Tel. 55 38718700, ext. 84306 https://orcid.org/0000-0003-1949-1922 (no autenticado)
  • Guillermina Areli Tochihuitl-Martiñón Campo Experimental General Terán-INIFAP. Carretera Montemorelos-China km 31, General Terán, Nuevo León. CP. 67400. Tel. 55 38718700, ext. 83610 , Campo Experimental General Terán-INIFAP. Carretera Montemorelos-China km 31, General Terán, Nuevo León. CP. 67400. Tel. 55 38718700, ext. 83610
  • Carlos Miguel Ramos Cruz , INIFAP
  • Juan Vargas-Hernández Campo Experimenta San Luis-INIFAP. Carretera San Luis Potosí-Matehuala km 14.5, San Luis Potosí. CP. 78431. Tel. 55 38718700, ext. 83415 , Campo Experimenta San Luis-INIFAP. Carretera San Luis Potosí-Matehuala km 14.5, San Luis Potosí. CP. 78431. Tel. 55 38718700, ext. 83415
  • Anahí Tochihuitl-Martiñón Tecnológico de Estudios Superiores de San Felipe del Progreso. San Felipe del Progreso, Estado de México, México. CP. 50640. Tel. 712 1241030, ext. 1020 , Tecnológico de Estudios Superiores de San Felipe del Progreso. San Felipe del Progreso, Estado de México, México. CP. 50640. Tel. 712 1241030, ext. 1020

DOI:

https://doi.org/10.29312/remexca.v17i2.3956

Palabras clave:

Citrus sinensis, Variabilidad genética, Secuenciación

Resumen

La naranja dulce se cultiva en varios estados de México. Diversos centros de investigación poseen bancos de germoplasma de cítricos, donde se incluye la naranja dulce para su mejoramiento genético. El objetivo del trabajo fue evaluar la diversidad genética y realizar un análisis filogenético basados en la región del espaciador transcrito interno (ITS) de seis genotipos de naranja dulce cultivados en San Luis Potosí, México. En 2023 se recolectaron hojas de seis variedades de naranja dulce conocidas en la región como Sangre de Toro y Valencia. Se extrajo el DNA genómico, se amplificaron regiones ITS por PCR y se secuenciaron. Se determinó el porcentaje de identidad, distancia genética y se generó un árbol filogenético de máxima verosimilitud. Los resultados indicaron que la variabilidad intraespecífica entre genotipos de C. sinensis en la región ITS es baja a moderada (0-0.07). Particularmente, entre la población de Citrus sinensis (variedades Sangre de Toro y Valencia) de las regiones de Axtla de Terrazas, Chimimexco-Tampacán y El Frijolillo-San Martín en San Luis Potosí, no se detectaron diferencias en sus regiones ITS. Es importante señalar que el número de muestras analizadas fue limitado; por lo tanto, se requiere evaluar un conjunto mayor de muestras y variedades para obtener conclusiones más robustas respecto a la variabilidad genética en Citrus sinensis en México. El análisis filogenético agrupó a los genotipos de México en el grupo G1, confirmando el origen de las variedades con países asiáticos (China, Corea y Vietnam), con los cuales el porcentaje de identidad fue del 100%.

Descargas

Los datos de descarga aún no están disponibles.

Referencias

Abbaszadeh, M.; Sheidai, M.; Koohdar, F. and Shafieizargar, A. 2023. Notes on Sweet orange (Citrus sinensis L. Osbeck) populations’ divergence: landscape genetics, comparative phylogeny and Niche modeling. Preprint, Research Square. https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-3801400/v1.

Ahsan, M. U.; Liu, Q.; Fang, L. and Wang, K. 2021. NanoCaller for accurate detection of SNPs and indels in difficult-to-map regions from long-read sequencing by haplotype-aware deep neural networks. Genome Biology. 22(1):1-33. https://doi.org/10.1186/s13059-021-02472-2.

Almeyda-León, I. H.; Narvaéz-Rodríguez, Á. I.; Pecina-Quintero, V.; Álvarez-Ojeda, M. G. y Núñez-Colín, C. A. 2023. Caracterización y diversidad genética de cítricos del banco de germoplasma del Campo Experimental General Terán. Biotecnología y Sustentabilidad. 8(1):26-41. https://doi.org/10.57737/biotecnologiaysust.v8i1.2276.

Almeyda-León, I. H.; Pecina-Quintero, V.; Álvarez-Ojeda, M. G.; Rodríguez-Guerra, R.; Acosta-Díaz, E. y Núñez-Colín, C. A. 2022. Caracterización y diversidad genética de naranjos dulces (Citrus sinensis L.) del banco de germoplasma del Campo Experimental General Terán. Biotecnología y Sustentabilidad. 7(1):80-95. https://doi.org/10.57737/biotecnologiaysust.v7i1.1645.

Alvarez, I. y Wendel, J. F. 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. Molecular Phylogenetics and Evolution. 29(3):417-434. https://doi.org/10.1016/s1055-7903(03)00208-2.

Bermúdez-Guzmán, M. J.; Guzmán-González, S.; Orozco-Santos, M.; Velázquez-Monreal, J. J.; Buenrostro-Nava, M. T.; Michel-López, C. Y.; Bermúdez-Guzmán, M. J.; Guzmán-González, S.; Orozco-Santos, M.; Velázquez-Monreal, J. J.; Buenrostro-Nava, M. T. y Michel-López, C. Y. 2016. Optimización de un protocolo para aislamiento de DNA de hojas de Saccharum officinarum. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas. 7(4):897-910.

Bermúdez-Guzmán, M. J.; Guzmán-Rodríguez, L. F.; García-Mariscal, K. P.; Palmeros-Suárez, P. A.; Orozco-Santos, M.; Bermúdez-Guzmán, M. J.; Guzmán-Rodríguez, L. F.; García-Mariscal, K. P.; Palmeros-Suárez, P. A. y Orozco-Santos, M. 2017. Identificación de híbridos de Citrus aurantifolia×Citrus limon utilizando marcadores de secuencias simples repetidas (SSR). Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas. 8(6):1397-1408. https://doi.org/10.29312/remexca.v8i6.309.

Carrillo-Medrano, S. H.; Gutierrez-Espinosa, M. A.; Robles-González, M. M.; Cruz-Izquierdo, S.; Carrillo-Medrano, S. H.; Gutierrez-Espinosa, M. A.; Robles-González, M. M. y Cruz-Izquierdo, S. 2018. Identificación de híbridos de limón mexicano mediante marcadores moleculares SSR. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas. 9(1):11-23. https://doi.org/10.29312/remexca.v9i1.844 https://doi.org/10.29312/remexca.v9i1.844.

Gallego-Colonia, J. S.; Enríquez-Valencia, A. L.; Caicedo-Arana, Á.; Posso-Terranova, A. M. y Muñoz-Florez, J. E. 2017. Diversidad genética en patrones de cítricos mediante microsatélites amplificados al azar (RAMs). Biotecnología en el Sector Agropecuario y Agroindustrial. 15(1):85-94. https://doi.org/10.18684/BSAA(15)85-94.

Graper, A. L.; Noyszewski, A. K.; Anderson, N. O. and Smith, A. G. 2021. Variability in ITS1 and ITS2 sequences of historic herbaria and extant (fresh) Phalaris species (Poaceae). BMC Plant Biology. 21(1):1-16. https://doi.org/10.1186/s12870-021-03284-z.

Hynniewta, M.; Malik, S. K. and Rao, S. R. 2014. Genetic diversity and phylogenetic analysis of Citrus (L.) from north-east India as revealed by meiosis, and molecular analysis of internal transcribed spacer region of rDNA. Meta Gene. 2:237-251. https://doi.org/10.1016/j.mgene.2014.01.008.

Ito, T. M.; Polido, P. B.; Rampim, M. C.; Kaschuk, G. and Souza, S. G. H. 2014. Genome-wide identification and phylogenetic analysis of the AP2/ERF gene superfamily in sweet orange (Citrus sinensis). Genetics and Molecular Research: GMR. 13(3):7839-7851. https://doi.org/10.4238/2014.September.26.22.

Jin, S. B.; Lee, W. J.; Park, J. H.; Park, S. M.; Lee, D. H. and Yun, S. H. 2018. A phylogenic analysis of citrus cultivars native to jeju using chloroplast dna trnl-trnf and internal transcribed spacer region sequences. Horticultural Science and Technology. 36(4):585-597. https://doi.org/10.12972/kjhst.20180059.

Kyndt, T.; Dung, T. N.; Goetghebeur, P.; Toan, H. T. and Gheysen, G. 2010. Analysis of ITS of the rDNA to infer phylogenetic relationships among Vietnamese Citrus accessions. Genetic Resources and Crop Evolution. 57(2):183-192. https://doi.org/10.1007/s10722-009-9460-0.

Letsiou, S.; Madesis, P.; Vasdekis, E.; Montemurro, C.; Grigoriou, M. E.; Skavdis, G.; Moussis, V.; Koutelidakis, A. E. and Tzakos, A. G. 2024. DNA Barcoding as a Plant Identification Method. Applied Sciences. 14(4):1-12. https://doi.org/10.3390/app14041415.

Li, X.; Xie, R.; Lu, Z. and Zhou, Z. 2010. The origin of cultivated citrus as inferred from internal transcribed spacer and chloroplast DNA sequence and amplified fragment length polymorphism fingerprints. Journal of the American Society for Horticultural Science. 135(4):341-350. https://doi.org/10.21273/JASHS.135.4.341.

Liu, M.; Wang, K.; Chen, B.; Cai, Y; Li, C.; Yang, W.; Wei, M. and Zheng, G. 2021. Intraspecific DNA barcoding and variation analysis for Citri reticulatae pericarpium of Citrus reticulata ‘Chachi’. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine. eCAM, 2021, 2609935: 1-7 pp. https://doi.org/10.1155/2021/2609935.

Mahjbi, A.; Oueslati, A.; Baraket, G.; Salhi-Hannachi, A. and Zehdi-Azouzi, S. 2016. Assessment of genetic diversity of Tunisian orange, Citrus sinensis (L.) Osbeck using microsatellite (SSR) markers. Genetics and Molecular Research. 15(2):1-12. https://doi.org/10.4238/gmr.15026564.

Morgante, M. and Olivieri, A. M. 1993. PCR-amplified microsatellites as markers in plant genetics. The plant journal: for cell and molecular biology. 3(1):175-182. https://doi.org/10.1046/j.1365-313X.1993.t01-9-00999.x.

Penjor, T.; Yamamoto, M.; Uehara, M.; Ide, M.; Matsumoto, N.; Matsumoto, R. and Nagano, Y. 2013. Phylogenetic relationships of citrus and its relatives based on matk gene sequences. Plos One. 8(4):e62574. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062574.

Sankar, T. G.; Gopi, V.; Deepa, B. and Gopal, K. 2014. Genetic diversity analysis of sweet orange (Citrus sinensis Osbeck.) varieties/clones through RAPD markers. Int. J. Curr. Microbiol. App. Sci. 3(4):75-84.

Seminara, S.; Bennici, S.; Guardo, M. D.; Caruso, M.; Gentile, A.; Malfa, S. and Distefano, G. 2023. Sweet orange: evolution, characterization, varieties and breeding perspectives. Agriculture. 13(2):1-24. https://doi.org/10.3390/agriculture13020264.

Shahnazari, N.; Noormohammadi, Z.; Sheidai, M. and Koohdar, F. 2022. A new insight on genetic diversity of sweet oranges: CAPs-SSR and SSR markers. Journal of Genetic Engineering & Biotechnology. 20(105):1-8. https://doi.org/10.1186/s43141-022-00393-6.

Sharafi, A. A.; Abkenar, A. A. and Sharafi, A. 2017. Molecular genetic diversity assessment of Citrus species grown in Iran revealed by SSR, ISSR and CAPS molecular markers. Journal of Science and Research. 2(8):22-27. https://doi.org/10.26910/issn.2528-8083vol2iss8.2017pp22-27.

Tuwo, M.; Kuswinanti, T.; Nasruddin, A. and Tambaru, E. 2023. Estimating the genetic diversity of oranges Citrus spp. In: South Sulawesi, Indonesia, Using RAPD Markers. Scientifica. 6676038:1-12. https://doi.org/10.1155/2023/6676038.

Viglietti, G.; Galla, G.; Porceddu, A.; Barcaccia, G.; Curk, F.; Luro, F. and Scarpa, G. M. 2019. Karyological analysis and DNA barcoding of pompia citron: a first step toward the identification of its relatives. Plants. 8(4):1-16. https://doi.org/10.3390/plants8040083.

Wenger, A. M.; Peluso, P.; Rowell, W. J.; Chang, P. C.; Hall, R. J.; Concepcion, G. T.; Ebler, J.; Fungtammasan, A.; Kolesnikov, A.; Olson, N. D.; Töpfer, A.; Chin, C. S.; Alonge, M.; Mahmoud, M.; Qian, Y.; Phillippy, A. M.; Schatz, M. C.; Myers, G.; Pristo, M. A. and Hunkapiller, M. W. 2019. Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome. Preprint, bioRxiv, 519025. https://doi.org/10.1101/519025.

White, T.; Bruns, T.; Lee, S.; Taylor, J.; Innis, M.; Gelfand, D. and Sninsky, J. J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis, M. A.; Gelfand, D. H.; Sninsky, J. J. and White, T. J. (eds.). PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press. San Diego, California, USA. 315-322 pp. https://doi.org/10.1016/b978-0-12-372180-8.50042-1.

Williams, J. G.; Kubelik, A. R.; Livak, K. J.; Rafalski, J. A. and Tingey, S. V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research. 18(22):6531-6535. https://doi.org/10.1093/nar/18.22.6531.

Descargas

Publicado

2026-03-17

Número

Vol. 17 Núm. 2 (2026)

Sección

Artículos

Licencia

Derechos de autor 2026 Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas

Creative Commons License

Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución-NoComercial 4.0.

Los autores(as) que publiquen en Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas aceptan las siguientes condiciones:

De acuerdo con la legislación de derechos de autor, Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas reconoce y respeta el derecho moral de los autores(as), así como la titularidad del derecho patrimonial, el cual será cedido a la revista para su difusión en acceso abierto.

Los autores(as) deben de pagar una cuota por recepción de artículos antes de pasar por dictamen editorial. En caso de que la colaboración sea aceptada, el autor debe de parar la traducción de su texto al inglés.

Todos los textos publicados por Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas -sin excepción- se distribuyen amparados bajo la licencia Creative Commons 4.0 atribución-no comercial (CC BY-NC 4.0 internacional), que permite a terceros utilizar lo publicado siempre que mencionen la autoría del trabajo y a la primera publicación en esta revista.

Los autores/as pueden realizar otros acuerdos contractuales independientes y adicionales para la distribución no exclusiva de la versión del artículo publicado en Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas (por ejemplo incluirlo en un repositorio institucional o darlo a conocer en otros medios en papel o electrónicos) siempre que indique clara y explícitamente que el trabajo se publicó por primera vez en Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas.

Para todo lo anterior, los autores(as) deben remitir el formato de carta-cesión de la propiedad de los derechos de la primera publicación debidamente requisitado y firmado por los autores(as). Este formato debe ser remitido en archivo PDF al correo: revista_atm@yahoo.com.mx; revistaagricola@inifap.gob.mx.

 

Esta obra está bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-No Comercial 4.0 Internacional.

Cómo citar

Bermúdez-Guzmán, Manuel de Jesús, Guillermina Areli Tochihuitl-Martiñón, Carlos Miguel Ramos Cruz, Juan Vargas-Hernández, y Anahi Tochihuitl-Martiñón. 2026. «Diversidad genética Y Filogenia De Regiones ITS En Genotipos De Naranja Dulce De San Luis Potosí». Revista Mexicana De Ciencias Agrícolas 17 (2). https://doi.org/10.29312/remexca.v17i2.3956.

Artículos más leídos del mismo autor/a